ubuntu20にR4をインストールします

さまざまなソフトウェアシステムのバージョンアップデートが今ではとても速いと言わなければなりません！

一般的に、新しくインストールされたubuntuシステムはクリーンすぎて、ライブラリファイルがたくさんありません。次のコードが最初に実行されます。

sudo apt install --fix-missing libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libgdal-dev libssl-dev libglu1-mesa-dev libmagick++-dev libudunits2-dev 

sudo apt install -y libcurl4-gnutls-dev
sudo apt install -y  libxml2-dev
sudo apt install -y  openssl 
sudo apt install -y  libssl-dev

R言語の最新バージョンをインストールします

ルート権限（システム管理者）を使用して、最新バージョンのRをインストールします。ubuntuは20なので、**コード名focalを選択し、次にcran40 **を選択すると、コード全体は次のようになります。

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
sudo apt update
sudo apt install r-base

実際、root権限（システム管理者）を持ついくつかのRパッケージをインストールする必要があります。

いくつかのRパッケージをインストールします

ここでは、root権限（システム管理者）を使用します：sudo R

options()$repos 
options()$BioC_mirror
# options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)

一般的に、エラーは報告されず、さらにパッケージをインストールし続けます。

BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db"),ask = F,update = F)options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR","factoextra"))
install.packages(c("ggplot2","pheatmap","ggpubr"))library("FactoMineR")library("factoextra")library(GSEABase)library(GSVA)library(clusterProfiler)library(ggplot2)library(ggpubr)library(hgu133plus2.db)library(limma)library(org.Hs.eg.db)library(pheatmap)

BiocManager::install("ChAMP")

いくつかのRパッケージはインストールが非常に難しいと言わざるを得ません。そして、メチル化チップのデータ処理パッケージであるChAMPのように、午後を丸ごと過ごしました。

私の空のubuntuシステムでは、上記のすべてのコードを実行した後、327個のパッケージがあります。

( base) jmzeng@biotrainee:/usr/local/lib/R/site-library$ du -h -d 1|tail
404 K ./ruv
3.2 M ./biovizBase
4.5 M ./colorspace
1.8 M ./prettydoc
444 K ./lazyeval
392 K ./statmod
5.2 M ./WGCNA
156 K ./generics
8.0 M ./urltools
2.9 G .

ネットワークサービスの構成（オプション）

sudo apt install  -y nginx curl

同時に、/ var / www / htmlフォルダーのアクセス許可を設定する必要があります。つまり、** www-dataユーザーグループ**を追加する必要があり、それに含まれるすべてのユーザーがアクセスできます。

sudo chgrp -R www-data /var/www
sudo usermod -a -G www-data  jmzeng
# sudo usermod -a -G www-data  ubuntu
sudo chmod -R 2770/var/www/html

同時に、ubuntuのポートも管理する必要があります。Nginxをインストールすると、理論的にはブラウザでIPを開くことができますが、Webポート80を開く必要があります。

Ufwは、ホスト側のiptablesファイアウォール構成ツールです。

sudo ufw enable #ファイアウォールを開く
sudo ufw allow 80 ##ポートを開く
sudo ufw status ###ファイアウォールのステータスを表示する
sudo ufw allow 8787 ##ポートを開く

サーバー側のポートのみを開きます。

rstudio-server ###をインストールします

参照：https：//rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/

ubuntuシステムのバージョンを必ず確認してください。

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.3.1056-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.3.1056-amd64.deb

このバージョンでは、少なくとも2時間は無駄になりました。光沢のあるrsutdioサーバーをインストールし、公式Webサイトで最新バージョンを見つけます

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/

自分で住所を見つけよう！

光沢のある権限を構成する（オプション）

これは、基本的に、本当に独自のWebツールを開発する必要がある場合にのみ、それを使用できます。

sudo systemctl restart shiny-server

頻繁に再起動する必要がある場合があります。インストールが成功した後、ポートが開いていることを確認してください：netstat -tln

ユーザーグループを構成します。

sudo groupadd shiny
sudo chgrp -R shiny  /srv/shiny-server/
sudo usermod -a -G shiny jmzeng

一部の自社開発Webガジェットは、/ srv / shiny-server /ディレクトリに保存できます。

sudo chmod -R 2775/srv/shiny-server/
cd /srv/shiny-server/
mkdir -p plot123
cd plot123
mkdir lineplot dotplot scatterplot boxplot barplot histplot pieplot density
mkdir violinplot qqplot errorplot 
mkdir veen upsetr heatmap circos volcano
mkdir genestructure 
 
cd /srv/shiny-server/ 
mkdir analysis 
cd analysis
mkdir deg det deu enrich gsea gsva wgcna timeseries pca tsne 
mkdir kmsurvival cox forest 

cd /srv/shiny-server/
mkdir database
cd database
mkdir tcga icgc ccle gtex encode roadmap 
mkdir ncbi ucsc ensembl 

cd /srv/shiny-server/
mkdir paper 
cd paper