cat /etc/issue
一般的に、多くのRパッケージのインストールにはRバージョンが必要です。たとえば、BiocManagerにはR（≥3.5.0）が必要ですが、最新バージョンのR言語は必要ありません。
Rから3.5への変更は、Bioconductorバージョン：リリース（3.8）の導入により前例のない変更であるため、Rの下位バージョンを3.5以上に更新する必要があります。
Ubuntuは非常に安定したアップデートです。私のものは実際にはUbuntu18です。他のバージョンではUbuntuソースファイルを変更する必要があります。VIMエディターを使用してファイルを変更します： / etc / apt / sources.list
# まず、システムに付属している古いバージョンのRを削除します
sudo apt-get--purge remove r-base r-base-core r-base-dev
sudo apt-get--purge remove r-base-core
sudo apt-get--purge remove r-base-dev
# sudo apt-get remove -y 'r-cran-*'
# apt-get removeは、ソフトウェアパッケージを削除し、ソフトウェア構成ファイルを保持します。
# apt-パージを取得すると、ソフトウェアパッケージとソフトウェア構成ファイルが同時にクリアされます
# 次に、Ubuntuソースファイルを更新します
## ここでは、Ubuntuシステムが異なれば少し異なります。
cat /etc/issue
# 18.04
# VIMを使用して、次のコードをに追加します/etc/apt/sources.リストファイル
# deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y r-base r-base-core r-base-dev
これはほんの一例です。私が使用するパッケージはインストールに非常に時間がかかります。一般的に言って、それは長い時間がかかります。
options()$repos
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options()$repos
options()$BioC_mirror
# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("genefu","org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c('shiny','shinydashboard','stringr','DT','ggplot2'),ask = F,update = F)
https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
sudo su - \
- c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
wget https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
この場合、http：//139.9.249.168：3838 /およびhttp://139.9.249.168:8787にアクセスできます。
コードの観点から、それは簡単です：
options()$repos
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options()$repos
options()$BioC_mirror
BiocManager::install("scater")
BiocManager::install("Seurat")
BiocManager::install("monocle")
このRパッケージの使用法については、公式Webサイトのドキュメントを読むことをお勧めします。
必要なシステムライブラリファイルを自分で検索してインストールします
sudo apt install openjdk-8-jre-headlesssudo apt-get install exfat-utils exfat-fuse
sudo apt-get-y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev subversion scons libfuse-dev gcc
sudo apt-get-y install libmariadb-client-lgpl-dev libcurl4-openssl-dev libudunits2-dev
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