Ubuntuの下に古いバージョンのseuratをインストールします

単一セルのデータ処理環境を構成する方法を示します。

まず、Ubuntuシステムを準備します

これが最初のHuaweiCloudです：https：//www.huaweicloud.com/pricing.html#/ecs

オンデマンドで購入した他のクラウドサービスと比較できます。

https://www.amazonaws.cn/ec2/pricing/ec2-linux-pricing/（Amazon China、aws）
https://buy.cloud.tencent.com/price/cvm#tab0-list1（Tencent [クラウドサーバー]（https://cloud.tencent.com/product/cvm?from=10680））
https://cn.aliyun.com/price/product#/ecs/detail（Alibabaクラウドサーバー）
https://cloud.google.com/compute/pricing?hl=zh-CN（Google Cloud Server）
その他、Meituan Cloud、BaiduCloudなどは1つずつ表示されません

R言語をインストール

システムRのバージョンが十分でない場合は、アップグレードする必要があります

# まず、システムに付属している古いバージョンのRを削除します
sudo apt-get--purge remove r-base  r-base-core r-base-dev
sudo apt-get--purge remove r-base-core
sudo apt-get--purge remove r-base-dev
# sudo apt-get remove -y 'r-cran-*'
# apt-get removeは、ソフトウェアパッケージを削除し、ソフトウェア構成ファイルを保持します。
# apt-パージを取得すると、ソフトウェアパッケージとソフトウェア構成ファイルが同時にクリアされます

# 次に、Ubuntuソースファイルを更新します
## ここでは、Ubuntuシステムが異なれば少し異なります。
cat /etc/issue
# 18.04
# VIMを使用して、次のコードをに追加します/etc/apt/sources.リストファイル
# deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y  r-base r-base-core  r-base-dev

shiny-serverとRstudio-serverをインストールします

https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

sudo su - \
- c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb 

wget  https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
sudo gdebi  rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb

この場合、http：//139.9.249.168：3838 /とhttp://139.9.249.168:8787にアクセスできますが、指定されたポートをHuaweiCloudで開く必要があります。

古いバージョンのseuratの依存関係パッケージをインストールします

古いバージョンのseuratの依存関係パッケージを知る方法は？最初に実行：

packageurl <-"https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_2.3.4.tar.gz"
packageurl
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

エラーレポートを見て、依存パッケージを見つけます。

options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")

pkgs=c("ggplot2","cowplot","ROCR","mixtools","lars","ica","tsne","Rtsne","fpc","ape","pbapply","igraph","RANN","dplyr","RColorBrewer","irlba","reshape2","gplots","dtw","SDMTools","plotly","Hmisc","httr","tidyr","ggridges","metap","lmtest","fitdistrplus","png","doSNOW","reticulate","foreach","hdf5r","RcppEigen","RcppProgress") 
BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F)

Ubuntuシステムにはライブラリがないため、依存パッケージがすべてスムーズに進むわけではありません。

sudo apt-get-y install libcurl4-gnutls-dev  libxml2-dev libssl-dev subversion scons libfuse-dev gcc
sudo apt-get-y install  libmariadb-client-lgpl-dev libcurl4-openssl-dev libudunits2-dev

必要なライブラリをインストールした後、Rパッケージをインストールします。

pkgs=c('curl','openssl','hdf5r','httr','plotly')
BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F)

hdf5r ###の失敗について

Googleは答えを見つけられませんでした。ログをもう一度見ると、ライブラリもありません。

 sudo apt-get install libhdf5-dev

成功するには、hdf5rを再度インストールしてください。

pkgs='hdf5r'
BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F)

最後に、古いバージョンのseuratを正常にインストールしました

packageurl <-"https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_2.3.4.tar.gz"
packageurl
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")